人類受盡怪獸災害的折磨，特殊怪獸對應分隊SKaRD為了保護地球，將於東京與大怪獸展開驚心動魄的激戰！ 由於怪獸接二連三於某工業區出現，弦人隊長率領SKaRD一次次奮勇迎戰，沒想到甫一撃退，新的怪獸便接踵而至。經一番調查，SKaRD發現該工業區設有先進化學企業Necromass Co. 的工廠，而該企業專門處理並研究怪獸廢棄物，或與當地的怪獸事故有關。SKaRD於是緊急造訪Necromass Co. 最高負責人，即世界頂尖化學家真伏博士，得知企業正在研發一種名為「達姆多基辛」的物質，該物質竟與生命根源有關，更可能令人類掌握長生不老之術！此時，自稱「宇宙霸者」的神秘「達姆諾星人」突然現身，將盛載「達姆多基辛」的容器破壞，令研究室被洩漏物質吞噬，產生可怕又巨大的「妖骸魔獸 鋼基路根」，SKaRD由此陷入重大危機！到底他們能否查明真相，又能否從怪獸手上保護東京？