真希波‧真理‧伊盧崔亞斯駕駛EVA假設5號機，擊敗了被挖掘出的第3使徒；式波．明日香．蘭格雷駕駛EVA 2號機摧毀第7使徒；第8使徒出現後襲擊了NERV總部。EVA 3號機在測試過程中被第9使徒劫持，真嗣被派出去進行攔截，卻得知明日香在插入拴內。碇源堂將EVA初號機轉由模擬系統操控，開始迎擊EVA 3號機。