面對父親‧北斗因敵人突襲而失蹤，隼人無法隱藏自己的不安。此時在他面前出現的，竟是超越時空而至、只有九歲的北斗！被光粒子包圍著穿越而來的「少年北斗」，為了保護地球及回去原來的世界，決意成為集結最新技術完成的「新幹線戰士 ALFA-X」之駕駛員。集合兩人的意志，由北海道分部、山形分部、大宮分部、名古屋分部、京都分部、門司分部聯手組成的「新幹線戰隊」亦挺身而出，一起對抗宇宙最強的敵人！ 到底「新幹線戰隊」能否守護日本的和平與安全？ 隼人又可否與父親‧北斗重逢！？