在21世紀初，人類因全球暖化的影響而失去了大半的陸地。此時，在世界各地突然出現了搭載著神秘超兵器、真面目不明而被稱爲“霧之艦隊”的戰艦群，對其毫無招架之力的人類失去了制海權，並且再也無法自由航行於大海之上，令人類的文明和繁榮大幅衰退。

人類雖然失去了制海權，但並未放棄重新成爲海洋的主人、在海洋上自由航行的打算，一直謀劃著對“海霧艦隊”反擊的“大反攻”之日。

17年後，原士官候補生千早群像與其同伴們在不知覺中搭上了潛水艦伊401，並與伊401的心智模型伊歐娜一起接受突破“海霧艦隊”的海洋封鎖、運送人類反擊的希望的委託。