21世紀上半葉，人類因全球暖化造成海平面上升的影響失去了大半的陸地。此時，世界各處的海洋出現了大量搭載「超兵器」，且被稱為「霧之艦隊」的戰艦群，以壓倒性的戰鬥力將人類驅逐出海洋，切斷各大陸與島嶼之間的聯繫，令人類的文明和繁榮大幅衰退。數年後，士官候補生千早群像遇到了叛離「霧之艦隊」潛水艦「伊 401」的心智模型伊歐娜，在這個瞬間，兩人重新轉動命運的齒輪、燃起海上戰火，他們究竟會引導人類走向怎樣的未來……