年幼女孩Alice從天而降至神秘城堡中，失去記憶的她，卻不知為何知道神秘的黑色紳士名為Deemo。而Deemo像是以琴音誘導一樣，一點一點喚起她的記憶。而在這神秘城堡裡，Alice認識了貓型娃娃Mirai、胡桃鉗娃娃和飄浮在空中的香香包。為了令靠鋼琴琴音成長的音之樹成長，從而讓Alice離開城堡，他們決定尋找散落城堡各處的樂譜，過程中Alice遇見了戴著面具的神秘少女。「我討厭你…」向Alice如此說的面具少女，到底與她是甚麼關係？

與同伴收集樂譜的冒險、面具少女的心、Deemo之謎、不時在Alice腦海出現的櫻花樹、以及記憶中戛然而止的旋律…令過去、現在、未來泛起漣漪的琴音，漸漸打開Alice的回憶之門。