地球被未知的生命體．奇居子破壞，倖存的人類搭乘巨大的宇宙船「薛多尼亞」航向星海，沒想到奇居子竟然在事隔100年後再度出現。再次面臨滅亡危機的人類，由人類與奇居子結合而生的白羽衣紬，以及王牌操縱士谷風長道的活躍下，暫時擊退了奇居子，人類在歷經苦戰之後終於獲得勝利。

在那之後過了10年，薛多尼亞的人們享受了一段短暫的和平。紬也偷偷喜歡著成為薛多尼亞英雄的長道，一起過著和平的日子。但是艦長小林明白。只要奇居子還在，和平的日子就不會長久，於是她發起了賭上人類存亡的最後決戰。